建文元年四月，朱元璋忌日前夕，燕王朱棣派儿子朱高炽、朱高煦、朱高燧入京祭拜。徐辉祖对自己三个亲外甥，非常了解，他劝建文帝扣留他们作为人质，并说高煦勇猛剽悍而且无赖，不但会不忠于建文帝，也会背叛他的父亲，他日一定会成为大患。
然而，建文帝就此事问徐增寿和驸马王宁时，他们二人却都包庇他们，于是建文帝就没有听徐辉祖的话，将他们三人遣返归国，从而失去了制服燕王的一个筹码。
靖难之役爆发后，朱高煦作为燕军主将出力甚多，建文帝曾说："吾悔不用辉祖之言！"然而，悔之晚矣！
建文三年四月，徐辉祖奉命参加白沟河之战，率军成功掩护李景隆撤退；建文四年正月，徐辉祖再次带兵北上 ，四月，与燕军在齐眉山大战，大败燕军，徐辉祖斩杀燕将李斌，燕军陷入窘境 。
