邓禹率军进入关中后，鉴于赤眉军的势力虽然很强大，但由于军纪不整、作风粗暴，经常劫掠地方，由此迫使百姓们纷纷出逃，时间一长难免会陷入缺粮的困境，彼时再攻取长安，将好比探囊取物般容易；但如果现在进兵，很可能会遭遇挫折。所以邓禹为避免无谓的牺牲，便决定攻略上郡、北地、安定三郡，以形成对长安的外围包围圈。
所以，尽管有光武帝的屡屡催促，邓禹还是坚持自己的计划（"以关中未定，而禹久不进兵，下敕...禹犹执前意。"引文同上），将军队分为三股，自己率主力平定北地，第二支负责攻取上郡诸县，第三支则由将军冯愔、宗歆分领，负责防守枸邑。邓禹的战略设计本来很合理，但却被一次突发事件搅乱。
光武帝刘秀
原来，冯愔、宗歆两人性格不合，在驻守枸邑期间因争夺权力而发生内斗，最终冯愔杀死宗歆，并率军队反击邓禹。虽然冯愔被部将黄防逮捕后献给朝廷，但邓禹却由此方寸大乱，为了能再度获得光武帝的信任，以消除刘秀对他治军能力的怀疑，便决定进攻长安。
建武二年（26年）春，赤眉军因军中缺粮，主力离开长安到右扶风就食，邓禹闻讯后进入长安，并在城中大肆庆祝。然而没多久，赤眉军主力便回师长安，邓禹难以抵抗，只好率军逃奔高陵。在这种情况下，光武帝出于保存实力的考虑，便下令邓禹退出关中，可后者却出于复仇的心理，竟连连驱使饥饿的士兵出战，结果每每大败而回。
