明朝对于西北新疆地区的统治更进一步，西域都护府靠近陕西的部分领土已经直接纳入到明朝的统治，而其余部分，明朝设置了关西七卫进行统治。
卫所制度是明朝特有的制度，西域地区的也叫羁縻卫所， 明朝洪武、永乐年间设于边疆非主体民族地区，以当地首领为都督、都指挥、指挥、千百户、都指挥使、镇抚等官，赐给敕书印记，辖都司卫所，掌当地军民政事，行政上相当于自治县。
关西七卫的管线范围为安定、阿端、曲先、罕东、沙州、赤斤蒙古、哈密七卫，涵盖今甘肃西北、青海北部及新疆东部，但是随着明朝国力的衰弱，到了嘉靖年轻，关西七卫都迁回嘉峪关以内，被吐鲁番汗国吞并。
也就是说明朝前期也对西域进行了统治，之所以没有设置西域都护府，是因为设置了关西七卫进行羁縻统治，随着衰落也跟其他王朝一样丧失了统治权，直到清朝的时候又恢复了统治。
