在中山、开平王死后，蓝玉屡次统帅大军作战，多次立功，朱元璋对其优礼有加。可此时的蓝玉却渐渐地骄傲自满，畜养了很多庄奴、义子，这些人都仗着蓝玉的威势暴虐凶横。蓝玉曾经抢占了东昌的民田，御史查究追问此事，蓝玉发怒，赶走了御史。御史是专门监督朝廷百官的，是皇帝的人，可蓝玉公然将御史赶走显然也是没将皇帝放在眼中。后来蓝玉在北征元军回来时，半夜敲击喜峰关关门，关吏没有及时开门接纳，蓝玉纵容士兵打破关门长驱直入。朱元璋得知后，对蓝玉的所作所为很是不高兴。
实际上，以上的罪名都不足以让朱元璋痛下杀手，蓝玉真正被杀，是有以下两个深层次的原因。其一就是太子朱标的英年早逝。太子朱标有执政经验做储君多年，朝中群臣愿意听命。洪武后期，蓝玉和朱标关系甚好，本来是朱元璋留下辅佐朱标的，可惜朱标早逝。蓝玉有居功自傲的性格，显然不是年轻的皇孙朱允文能镇得住的，朱标逝世不久，朱元璋就把蓝玉也屠戮了。如果朱标不死历史也将改写，蓝玉就是重要辅臣，统领朝廷优势军力。雄才大略的朱棣靖难起兵"清君侧"的理由就牵强的，恐怕只能做一生燕地藩王。
其二便是朱元璋怀疑蓝玉手握军权有谋反的迹象。蓝玉军功卓著，曾多次嫌弃自己官小，"玉不乐居宋、颖两公下，曰:"我不堪太师耶"。慢慢的君臣失和，蓝玉曾向太祖奏过几件事，太祖都没有听，蓝玉认为"上疑我矣，必是亲家靖宁侯（叶昇）招出我也是胡党。"面对朱元璋的猜忌蓝玉为自保，曾找到手下景川侯曹震商议，让他着人准备人马，"待上位（朱元璋）出正阳门劝农时"，出其不意，"务要成就事"。
最终在明朝洪武二十六年，由于锦衣卫指挥蒋瓛首先告发蓝玉谋反，已经65岁的朱元璋再次举起了屠刀，制造了骇人听闻的"蓝玉案"，以凉国公蓝玉为首的一公、十三侯、二伯被全部族诛，死者多达一万五千人，至此明朝开国元功宿将几乎被全部杀光。一代名将蓝玉也受到残酷的刑罚"剥皮实草"。所谓"剥皮实草"也就是将人皮剥下，填充以草物，制成稻草人，悬挂于市井或衙门口，以儆效尤。蓝玉被朱元璋剥皮实草传示天下，最后蓝玉人皮几经辗转被其女蜀王妃奏请"留念"。到明末农民军攻破蜀王府，在王府祭堂也发现了这件"文物"。
最后我们要说名将蓝玉虽为明立勋，捕鱼儿海一役更是名震天下，但人们常说伴君如伴虎，尤其是功高盖主之人，往往容易遭到皇帝的猜忌和疑惑。所以不管你曾经立下多大的汗马功劳，权位有多重，皇帝曾经是多么的器重你，你在皇上面前说话仍然要小心！正所谓爵位不宜太盛，太盛则危；能事不宜尽毕，尽毕则衰；行谊不宜过高，过高则谤兴而毁来。
