但与此同时，这本在中国"消失"的书，却同样在海那边的日本，产生了震撼影响。
《算法统宗》最早是由毛利重能带到日本的。明朝时，日本数学家毛利重能奉丰臣秀吉的命令来中国学习先进的科学文化知识，当毛利重能客居杭州时，听说了程大位在珠算界的赫赫大名，心中敬仰有加，不远千里请求朋友引见一面。 这是一个历史性的会面，也正是这次会面，让毛利重能见识到了这本算数巨著《算法统宗》，并在回国时一并带回了日本。也让《算法统宗》在海内外扬名，程大位"算神"之名也从此成就。
《算法统宗》到日本的传入，犹如活泉引流到枯竭干旱的不毛之地。江户时代初期统一后的日本进入封建社会的高速成长时期，社会发展对数学提出了更高的要求，日本原有的数学知识已经远远不能满足社会和经济发展的需要，《算法统宗》所代表的明代数学商业性和实用性特点，在日本受到了重视。整个江户时代，《算法统宗》一直是和算家们学习和参考的重要教材。
