初，桓温有不臣之心，欲先立功河朔，以收时望。及枋头之败，威名顿挫，逐潜谋废立，以长威权。然惮帝守道，恐招时议。以宫阐重闷，床笫易诬，乃言帝为阉，遂行废辱。见《晋书·卷八·穆帝哀帝海西公本纪》。
褚太后被迫废黜司马奕，改立司马昱为帝
等到流言被炒得沸沸扬扬之际，桓温顺势威逼褚太后下诏，以皇帝不育、宫闱秽乱为由，将司马奕废黜（"丁未，诣阙，因图废立，诬帝在籓夙有痿疾，嬖人相龙、计好、朱灵宝等参侍内寝，而二美人田氏、孟氏生三男，长欲封树，时人惑之，温因讽太后以伊霍之举。"引文同上）。时在太和六年（371年）十一月，距离司马奕登基只有6年时间。
桓温逼走司马奕后，随即拥立晋元帝幼子、丞相司马昱为帝（简文帝），并在朝中大肆诛杀异己，由此彻底掌控朝政。司马奕被废后，先是被降封为东海王，不久又被降封为海西公，并被送往吴县西柴里软禁。司马奕无罪被废，时人都很同情他的遭遇，不少人假借他的名义反抗朝廷。司马奕听到这些风声后变得更加忧惧，每日里深居简出、闭门谢客，唯恐被朝廷抓住新的把柄。
