在后来凌烟阁功臣的排名中，秦琼自然被贬低到了最后一位。历来君王都没那么大度，早先秦琼在王世充手下做将领的时候，李世民不知道吃了多少苦头，而能打败秦叔宝的人却没有一位。
他比李元霸还强，堪称隋唐第一猛将，却在凌烟阁功臣中排最末位！
而像秦琼一样，也是从刘武周手下投奔到李世民这边的，但是他却在凌烟阁中排到了第七位！这主要是他对李世民救驾有功，在玄武门之变又充当了重要的角色，最终让李世民的地位得以稳固，所以李世民对他信任有加。
想必我们还记得唐朝诗鬼李贺的诗《南园十三首（其五）》吧，至今小水还能默记全篇。其中"请君暂上凌烟阁，若个书生万户侯。"两句在后世读书人的眼中简直就成了他们建功立业的强烈表达。对于秦琼而言，登上凌烟阁的功臣宝座可算是然成功了，但是却在李世民的心中被贬低了。后世也因此低估了秦琼的能力，不可谓不让人惋惜。
