窝阔台系的几个王子，有一些王子封在了阿尔泰山以北的草原，还有一些王子封在了河西走廊。这些势力中间被察合台汗国和大汗汗国给隔开了，不能连成一片。本来，如果窝阔台把自己家的子孙封在中原，使得河西与中原势力连成一片，反而能构成对大汗汗国的战略包围圈。
蒙哥
这在窝阔台做大汗的时候，自然没什么，可是当汗位落在了蒙哥身上时，窝阔台系的诸多王爷们才发现，他们的领地七零八落，根本难以形成有效的抵抗。蒙哥汗抓住机会，一次会议上就把预谋作乱的窝阔台系诸王和臣子们清洗了300多人。窝阔台系势力大衰，只有在凉州的阔端因为与蒙哥交好，才得以保留领地。
窝阔台之前一直没有舍得分出去的中原汉地，自然成了大汗汗国的一部分，落入了拖雷系的掌控中。蒙哥鉴于窝阔台系诸王反抗无力，上任伊始就进行了一次分封，主要集中在拖雷系的诸王之中。
窝阔台系的诸王，只能等到窝阔台的孙子海都成年后，才在西北地区集结了术赤系、察合台系的一些王爷们发起了对忽必烈政权的叛乱。当然，由于实力不济，加上各个王爷们的分歧，这些叛乱最终被元朝镇压。
窝阔台汗国成为四大汗国里最先消失的汗国，从宝庆元年（1225年）立国到大德五年（1301年）被察合台汗国和元朝瓜分，立国凡有76年。
