毛文龙死后，皮岛明军成为一盘散沙，再也无法对后金形成威胁。仅仅在其死后四个月，皇太极就率领几乎所有的八旗兵马，绕道蒙古草原的龙井关、洪山口、大安口，平生第一次攻入长城以南，并在短短的一个月内，迅速攻陷遵化、三屯营、迁安等城，绕过蓟州，兵围京师。虽然皇太极不久即被赶来勤王的袁崇焕、西南土司狼兵等击败，退回关外，但从此却掀开了八旗大军频繁入关劫掠的序幕。
第二，袁崇焕被崇祯皇帝下狱处死，致使明朝宁锦边军失去了最后一任有威望的统帅
武将地位低下是明朝最严重的弊病之一，袁崇焕是进士出身的文官，对毛文龙这样不服管教的武将是相当瞧不上的，他当时的官职仅是二品，而毛文龙却是一品，但他就是敢矫诏擅杀。其实在杀毛文龙之前，袁崇焕就没有清楚认识到他的作用，否则也不会在后金攻打毛文龙时，拒不救援，以致他只能从陆地败退到皮岛。
毛文龙被杀之后，袁崇焕是何等的意气风发，认为自己是为明朝除掉了一个祸害，但他怎么也不会想到，就在他千里奔袭，解围京师之后，当即就被崇祯皇帝投入监狱，罪名之一就是擅杀毛文龙。崇祯三年（1630年）八月，袁崇焕被凌迟处死，家人被流徙三千里，并抄没家产。
