然而，石达开是一个心思赤诚的好汉，当他看透了洪秀全的心思后，便毅然决定离开了南京。但他并没有投靠清廷，而是拉起了一支自己的队伍继续抗击清军。可是，曾经和石达开一起并肩作战的李秀成、陈玉成等人，却没有和石达开一起出走。
换句话说，石达开离开洪秀全后一直都在孤立作战。更为糟糕的是，在情况危急的时候，石达开身边仅剩的杨辅清、彭大顺、朱衣点等人也离开了他。之后，石达开辗转多地抗清，即使是在最困难的时候他也没有过投降的想法。七年后，石达开在大渡河一役中损失惨重，自己也被清军俘虏了。
同治二年（1863年），清廷将石达开押往成都审讯。看着堂上负责审问的清廷官员完颜崇实，石达开毫无惧色。他理直气壮地说出了自己对时局的看法，并历数清政府的种种罪状。于是，恼羞成怒的完颜崇实放弃了对石达开的审问，决定将他凌迟处死。
行刑之时，石达开身受剧痛却始终不发一声，连旁边的清廷官员都不禁为之动容。
