后金的想法与袁崇焕一拍即合，很快就收到袁的允诺复信。这当然不仅仅出于袁崇焕急于求和的心理，而带有更为复杂的历史背景：毛文龙镇守皮岛，是深受阉党首领魏忠贤支持的，毛文龙为了维持自己的地位，对权倾一时的魏忠贤也竭力巴结奉迎。他虚报兵额，广招商贾、贩运禁物，大发国难财。崇祯登基，魏党垮台以后，朝中人把他看成是魏的党羽。另外毛文龙孤悬海外，朝廷难以驾驭，而他又经常乱报军情，漫天索饷，号称驻军二十万，每年兵饷一百二十万两，更给经济拮据的明朝廷添了一块心病。袁崇焕在出征前，有人向他建议除掉毛文龙。袁崇焕原来在辽东做巡抚时，就厌恶这个人，他当即表态：毛文龙可用就用，不可用就杀掉！
公元1629年（崇祯二年）七月，袁崇焕以犒赏吏卒的名义，来到毛军驻地双岛发饷。他叫士卒们排队受阅，校射弓箭，暗地里却把毛文龙骗到山上，历数十二大罪状，喝令手下将官手执崇祯赐予的尚方宝剑斩杀毛文龙于军帐之前。
"毛文龙被斩"这个消息，令明朝朝野大为惊诧，认为是一大奇举。崇祯皇帝没有为此责备袁崇焕的意思，而是持赞成态度，叫他依旧安心做事，不要有其他想法。
