为应对这次入侵，明朝把本来用于监视农民起义军和防卫地方的明军全部调回到了京师附近，直接造成了中原、湖广、陕西等地区的防务空虚，而投降的农民起义军大多都安排在这些地方，明军远调，给了他们反叛的机会。
最重要的是，崇祯十二年初，一直主持剿匪的三边总督洪承畴率部入京勤王时，直接调任蓟辽总督，洪承畴是崇祯十一年之前，在应对农民起义军时，功勋最卓著的明朝官员，他练出了一支由他亲自指挥的秦军，战斗力远超农民起义军，正面对上后几乎战无不胜。
至少到崇祯十一年之前，明朝派出去主持剿匪的官员中，还没有谁能比洪承畴的战绩更大，但因为关外的形势严峻，崇祯看见洪承畴能打，就把他调走了，并且，洪承畴为了到关外任职后，能压制辽东将门，在崇祯的同意下，把他一手练出来的那支秦军也带到关外去了。
这样一来，农民起义军最害怕的对手走了，最打不赢的军队也走了，可以毫无顾忌地闹腾。反观明朝，卢象升在崇祯十二年一月战死，孙传庭反对把洪承畴手下的秦军调到关外，认为这是给了流贼复起的机会，因这个正确的建议得罪了主张调动的杨嗣昌，被关进了监狱。剩余的明朝官员中，没有人能给予农民起义军任何压力。
