在明清时期一直流传着这么一句话："我爱京官有牙牌。"表达的是地方官员对于京城官员有着能够出入朝廷的牙牌十分羡慕。而军机处大臣的身份凭证比牙牌还要高一级别。据《桓枢纪略》所载，军机处的凭证为金牌，"金牌以金为之，广约五分，厚约一分，上镌军机处三字，值军机配之"这金牌不仅是军机大臣的身份象征，也是军机处大臣行使权力的凭证。因为军机处的保密性质，军机处的印章由专人保管，要启用军机处的公章，必须同时拿出锁着印章的印匣的钥匙和金牌才可启用公章，文件才可生效。
除了有着高于一般朝臣的身份凭证，军机大臣在皇帝面前还可以拥有属于自己的毡垫，这些垫子被称为"军机垫子"。这是皇帝为了表示对军机大臣的青睐，特批给军机处的专有待遇，让他们不必像一般官员双膝跪地，而可以跪坐在毡垫上回话。
区别于其他官员的还有军机处特有的服饰。中国古代在服饰上根据官员不同品级有着严格规定，尤其是清代朝珠、皮料、花翎、蓝翎、补子等服饰细节。例如关于朝珠的规定，除了翰、詹、科、道，只有文官五品、武官四品以上者才可以佩戴朝珠；在皮料服饰上也有着四品以下的官员穿用貂褂，就属违制。而军机处的特殊之处就在于凡是军机处的官员不论品级都可以佩戴朝珠，都可以穿用貂褂，还可以佩戴三品以上官员才可以有的红色雨帽。
优渥的生活待遇
军机处的值班处就在皇帝寝宫养心殿旁，加上作为皇帝的亲信，军机处的大小官员在生活上也享受到了皇帝特殊的关怀。
