于是，一直想立功建业的杨应琚更是是作战心切，调集约14000兵准备向缅甸进攻，并先派遣3300兵进驻木邦土司附近的内地遮放土司，本人也进抵永昌查看军情。在这场战争中无论是乾隆还是总督以及地方官员对缅甸当时的内部局势、兵力情况和与暹罗怎么交战，上下都一无所知，只幻想凭借云南地方的万余绿营兵即可征服缅甸，可以说是颟顸异常。
对于这次的作战结果也可想而知，兵家有云，知己知彼，百战百胜，在总督杨应琚和地方提督李时升的带领指挥下，一路溃败至云南境内。但当时的地方提督李时升为了虚报军功，掩饰自己的作战失误，一直给乾隆上报奏折至今已经屡获大捷，前后杀敌至万人。乾隆皇帝不是傻子，查看地图，发现交战地方几乎都在内地，"如果是清兵屡屡获胜怎么缅兵反倒越打越进来了?而回想平定新疆时，大小百余战，杀敌也不到万人，云南仅仅几次战斗，就杀敌超过万人?决不可能!"而他派往云南的侍卫福灵安将真实情况报告回来后，乾隆皇帝很生气，后果很严重，于2月将李时升、朱仑逮捕进京处死，杨应琚革职查办。这位靠揣摩乾隆心思的翰林进士达到了火箭般升官速度，用了十几年时间就坐上封疆大吏的杨应琚，但由于畏罪自己的欺君之罪，最后自刎而死。
第二次清缅之战的失败主要原因人员方面，清朝云南地方绿营兵几乎没怎么上过战场，器械又不精良，战力薄弱;带兵将领多能力不强，不体恤士兵，不懂地势，不知战术;统军大帅云贵总督又是文人出身，丝毫不懂军事。所以，中缅第二次战事，虽然士兵总数上，清兵多过缅兵，但依然屡战屡败。
武器方面，当时的缅甸士兵由于受过法国殖民并入侵，缅甸统治者从欧洲购买了射程远，精度高的燧发枪装备军队，而清军仍是长矛大刀，武器整整落后了一代虽然战后有人给乾隆提过购买欧洲先进的枪药弹炮以此抵抗缅甸的火力，但是乾隆拒绝了，拒绝的理由也很奇葩，如果购买这些先进的武器，那么军队就会偷懒不在注重日常的长矛大刀的刻苦训练。从当时的国际环境上，清朝政府对国际形势一概不知，当时的缅甸主力军队都在攻打暹罗。如果这时的清政府和暹罗只要联合起来，前后夹击，必定胜利。
