王士琦入朝为官时正是倭寇频繁骚扰明朝边境的时候，由于统治者放任不管的态度，倭寇在边境越发猖狂。而当时的日本又出现了一个让人无法忽视的政治家，叫丰臣秀吉，他智谋无双、拥有洞察局势的敏锐双眼，丰臣秀吉曾对战国时代的日本产生深远影响。万历25年，日本在丰臣秀吉的领导下再次入侵朝鲜，明朝派遣王士琦为山东参政衔监军，和总兵刘綎一起领兵2万赴朝鲜援助。当时朝鲜是明朝藩国，它每年都会缴纳朝贡给明朝廷，而明朝要庇佑朝鲜安全，因此在日本入侵朝鲜时，明朝会派兵出手相助。
领兵入朝鲜援助算是王士琦倭寇第一次正式交手，当时明军兵分三路来拦截倭寇，倭寇盘踞地丛林瘴气密布，且地势十分险峻，易守难攻，狡猾的倭寇作战方式十分灵活。就这样，在天不时地不利的情况下，明军中路很快败溃，总兵刘綎带领的陆军又接连进攻失利，直接影响了军心。随行的胆小怕事之人为自保，哭求刘綎退居全州，总兵刘綎也有些动摇，打了退堂鼓。但作为监军的王士琦，坚决不同意退守，他认为两军对峙中，敌在暗我在明，只有拼命往前进攻才有可能生还，退守简直是自取灭亡。因为日寇现在能打到他们面前，之后也能顺利攻到全州，所以退守绝不是缓兵之计，而是死路一条。
为了让刘綎彻底打消懦弱退缩的念头，王士琦果断绑了鼓励刘綎退居泉州的随从，并将其斩首示众，还在军中表示若谁再有异议，当以死报国，斩立决。见到这样的场面，刘綎也感到十分害怕，他立即重振旗鼓，继续向前挺进。朝鲜民众看到明军如此不畏强敌，进攻势如破竹，一时间也斗志昂扬，而军心也因为王士琦杀伐果断的态度稳了下来。结果正如王士琦所料，势如破竹的猛烈进攻方式果然能打破敌人的攻势，倭寇在这样的猛攻下只能连连后退，根本不敢与明军正面交手。
