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和土地兼并同样重要的问题，是明王朝失去了对国家最富庶的东南地区的经济控制。明末东南，是商品经济最发达的地区，也是偷税漏税最严重的地区。东南海商云集，但此时的海商们，大多选择了与当地有免税特权的家族合伙，,以达到免税的目的，这样的结果就是民富国穷，农民和中小商人成为了税收的承担者。
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百姓无力缴纳税赋破产后，土地被大地主兼并，国家收不上税；中小商人破产后，产业被大商人兼并，国家的税，是越收税源越少，,竭泽了却连鱼都打不到。比如福建郑芝龙，就通过结好当官员，获得免税特权，最后迅速壮大，甚至操控了南明的政权。其实往根上说，明朝的问题，根本上在于国家政治体系和经济方向的脱节。
