建文元年(公元1399年)7月1日，朱棣率八百王府护卫在北平城内发动兵变，当夜他上书朝廷，解释自己不得已起兵的原因，并将责任归结于朝中权贵陷害，里面有一句表明他和皇帝朱允炆关系的话是这样写的：
切念臣于懿文皇太子同父母至亲也，于今事陛下如事天也。臣固知此非出陛下之心，但臣愚戆，不能謟媚权贵耳。夫为臣之道，知有君而已，焉知权贵?臣所以罹今日之祸者，此也。-《明太宗实录卷二》
当时朱标、秦王、晋王都已去世，周王被废，朱棣抬出朱标这块招牌，是希望朱允炆能念在亲叔侄的份上放自己一马。当年十一月，朱棣再次上书朝廷，对自己所受到的8项指控一一做出辩解，其中再次强调了自己和朱允炆的亲属关系。
大抵八事皆是酿虚餙诈，加以大恶，三尺童子知其不可。而奸臣肆无忌惮，假天子之威权行之，与赵高指鹿为马者何异?且陛下与臣，皆出太祖高皇帝、孝慈高皇后，于属最亲也，奸臣犹得诬以极恶。-《明太宗实录卷五》
如果说《明太宗实录》不可相信，那在《明史》所载的朱允炆祭告天地、宗庙、社稷以削燕属籍的诏书中，同样提到了双方的关系：
