当年清军占领东南地区之后，明朝官员和大西军余部在西南地区联合起来，拥护桂王朱由榔为帝，改元为永历，后人称这时期为南明，南明在抵抗清军方面还取得了不错的成绩，曾经在湖南打败清军，收复了湖南全境，永历二年也就是1648年的时候，永历政权控制的区域扩大到了云南、贵州、广东、广西、湖南、四川等七个省，大有恢复大明王朝的趋势，那也是南明时期抵抗清军的高潮时期。
可仅仅过了一年，永历三年，南明政权内部矛盾严重，将领相互残杀，清军趁机起兵占领了湖南广东等地，从此就南明政权就走了下坡路，永历十三年，南明已经到了危急存亡的时刻，清军抵达昆明，占领了云南全境，永历帝连忙逃往缅甸躲避，这意味着南明已经灭亡。
永历十五年（1661年），郑成功出兵阻止清军，缅甸国王在清军的压力之下杀害了永历王朝的四十二名大臣和太监，并将永历帝交给清军，带回昆明，一年后，被清军绞杀于昆明，南明宣告完全破灭，其余残将投降清军，可有些将领不愿归降，就带着部队来到了缅甸的北部地区，在那过着隐姓埋名的生活。
