正如耿恭所料，匈奴得知自己中计后，立马调转大军进攻疏勒城，其他西域小国纷纷派兵前来救援，都折在了疏勒城下，自此，疏勒城就成了一座孤城。而一场残酷的疏勒保卫战也就此展开了！
深知未来很长时间内，疏勒城就很难再有军队前来救援了，耿恭只能孤军奋战。一方面，他修缮城防工事，囤积粮食物资；另一方面以自己区区数百的残兵，是不可能守住这座疏勒城的，于是他招募了数千名当地民众，一同守城。抱着是与疏勒城共存亡的决心！
而匈奴这一方很快就兵临疏勒城下，准备攻城。耿恭先下手为强：主动出城进攻，，初次交锋就打败了匈奴人的先锋兵马，极大鼓励了城中军民的士气。但终究是是敌众我寡，凭着人多势众，匈奴人加强了进攻，并层层包围。迫不得已，耿恭只能退进城内。
凭险据守的疏勒城，连续十几日的猛攻，匈奴依然没能南下。匈奴左鹿蠡王见久攻不下，就转而采取围而不攻的战术，企图困死城中的汉军。不仅如此，将流经城内的小河的上游河道用沙袋堵住，令其改道，企图渴死汉军。
如果此计得逞，那么耿恭及时其城中的军民就面临着灭顶之灾，疏勒城过不了几日就不攻自破。耿恭知道城中一旦缺水，基本上就完了。于是他一面令人守城，一面派人挖井。可是一直挖到地下四十米，也丝毫没见到水，照这样下去，他们就是死路一条了。为此，耿恭只能死马当活马医了。每日整衣拜天，祈求上苍：当年李广利将军在遭到匈奴围困的时候，也被断了水源。他拔剑刺山，泉水飞涌而出，如今大汉国运中兴，自有上苍保佑，岂会是穷途末路！愿神明佑护我大汉！也不知是不是感动了上苍，经过连日的祈求拜天，苍天不负有心人，先前挖的井里终于涌出了甘泉。一时间，城中军民汉军上下欢呼雀跃，感谢天助，高呼万岁。当然现在分析，肯定不是上天襄助。我想之前一直没有挖到水源，可能是是匈奴把河流堵住后，地下水要出来，还需一段时间，才能受地底压力作用而渐渐流入井中。古人不知道科学原理，便以为得到神助。流传至今，这一典故就被后人称作"耿恭拜井"。
