不过在朱元璋在位的时候大家都不敢说什么，可是在1398年朱元璋去世后朱允炆即位，大家都蠢蠢欲动了，尤其是朱允炆下达削藩令后，燕王朱棣更是打出了"清君侧"的名义，在1399年发动了历史上著名的靖难之役。
朱棣发动靖难之后才前前后后凑足了30万大军，而朱允炆却又上百万的兵马，如果按照人数上来说朱允炆应该能取得碾压式的胜利，但是朱元璋在位时已经将跟随自己打天下的名将杀的七七八八了，根本没有能够对抗朱棣的人。
建文帝起用老将耿炳文统兵北伐，又派李景隆继续讨伐，朱棣适时出击，灵活运用策略，几次大战便尽消了南军的主力，最终在建文四年（1402年）攻下帝都应天，在建文帝下落不明的情况下称帝了。
