达延统治蒙古帝国长达七十三年，在其1481年亲政之后，达延率军平定了土默特人及兀良哈人发起的叛乱。1479年至1505年，达延又带领部众骚扰了明朝边境，阻断了明廷与卫拉特人的联系。1543年，达延可汗去世，其孙博迪继承了汗位。
达延的统治虽然确保了汗位的稳定传承，但却并未解决蒙古族瓜分遗产的问题。在大汗死后，帝国便形成了由家庭成员组成的联邦式国家。内部各级首领均为兄弟或堂兄弟，他们虽认可察哈尔部的权力，但是，却始终处于独立状态。
随着时间的推进，所谓的大汗继承者，逐渐失去了统治整个帝国的能力，卫拉特人及通古斯人都成为了其劲敌。但是，彼时的卫拉特人正与哈萨克汗国、绰罗斯家族酣战，只有通古斯人有能力结束蒙古帝国的历史。
1604年，林丹承袭汗位。
林丹汗并非昏庸之辈，他早已知晓后金对蒙古的野心。因此，从刚继位开始，林丹汗便开始统一各部。1627年，林丹汗派兵收服了右翼鄂尔多斯、土默特等部，声威由此大振。
