随着程咬金的表态，李世民正式将他纳为自己的亲信，而程咬金也由骨干成员正式成为秦王府的死士。之后，李世民在长孙无忌、侯君集、程咬金等人的支持之下，发动了玄武门之变。在史书中，并没有程咬金参与这次政变的记载。
但在1986年，学者们发掘了程咬金的墓地，并发现了他的墓志铭。而这个墓志铭中提到：
"九年夏末，二凶作乱，太宗受诏 ，宣罚禁中，公 (程知节 )任切爪牙，效勤 心膂。事宁之后 ，颁乎大赍，赏绢六千匹 ，骏马二匹，并金装鞍辔 ，及金胡瓶、金刀、金碗等 物 ，加上柱国 ，授东宫左卫率 ，寻拜右武卫大将军。"
