因为毛文龙的存在，辽东反金运动风起云涌，东江军长期的袭扰令后金坐卧难安。但是，毛文龙本人谋略有限，又经常冒领军饷，不服新任蓟辽总督袁崇焕的管束。崇祯二年 ，袁崇焕巡视双岛，历数毛文龙十二大罪，将其杀害，东江军也四分五裂。袁崇焕斩毛文龙，后金再无后顾之忧，三个月后就发生了"己巳之变"。崇祯大怒，将袁崇焕下狱，经三司会审明正其罪后将其凌迟处死，其中就有"擅杀岛帅"之罪。
孔有德
毛文龙死后，其手下悍将孔有德、耿仲明因他"无罪横受屠酷"而感到寒心，于是投奔了登莱巡抚孙元化。大凌河之战爆发时，孔有德受孙元化之名率八百骑支援锦州。抵达吴桥时风雪交加，部队给养不足，登州辽东兵与山东人不和，沿途闭门罢市，士兵们饥寒交迫。一名士兵吃了当地大户一只鸡却不给钱，被告到孔有德面前。孔有德对违纪士兵处以穿箭游营之刑，士兵大哗，"吴桥兵变"就此爆发。
孔有德率军反攻山东，攻破登州成，俘虏巡抚孙元化，虏获旧兵六千人、援兵千人、马三千匹、饷银十万两、红夷大炮二十余位，西洋炮三百位。登莱之乱持续一年有余，终于在多方围剿下平定。孔有德、耿仲明走投无路，率军万余突围，从旅顺渡海投金。
