朱元璋本是一介穷苦百姓，但他当时也参加了明教。从此，他依附着明教逐渐壮大自己的势力，在拥有逐鹿天下的能力后，将割据一方的陈友谅等势力一举击败，腐朽的元朝更不是他的对手，最终创立大明伟业，传奇称帝。
朱元璋当上皇帝之后，他知道一旦农民被教派洗脑之后是多么的可怕，所以他认为明教也没有继续存在下去的理由了，因为它们的教义和封建制度是完全违背的。统治者想要的是稳定，而明教教导人们要互相对抗，若明教继续存在会引起其他的反抗活动，这对明朝的统治是非常不利的。考虑到这一点，朱元璋认为明教必须要受到严酷的打击。
于是他刚刚上位就向天下宣布：明教为非法宗教。朱元璋当时派大军围攻了明教，不仅烧了明教的老窝，而且杀了很多的教徒，生还者不得不隐姓埋名，自此之后明教就无力再继续发展了。其实在历史上不只是明教，连白莲教都被朱元璋认为是邪教，他亲自下令禁止传播这些教派的思想，并且还将其写进了明朝的律法当中。
