次年邓禹的部队大破河东守军，接着去攻取安邑，但久攻不下，后来更始这一方派樊参反击邓禹，被邓禹打败，樊参被杀。
与此同时，刘秀即位，邓禹官升大司徒，邓禹加官进爵的时候只有24岁，可以说已经走向人生巅峰。河东被平定之后，邓禹又力克更始大军于衙县。但长安被赤眉军攻破，长安一时之间陷入水深火热，长安百姓听说邓禹的部队所向披靡，于是无论老幼妇孺全都希望投奔于他。
刘秀对此非常看重，还多次表扬邓禹。至此邓禹手下的人有百万之多，但是可以用来打仗的却没有几个，再加上军需物资非常匮乏，这些都成了邓禹对攻取长安犹豫不决的原因。但是邓禹有他的道理，他认为赤眉军当时在多方面占据优势，此时攻打不是最优时机，应当等待。
26年，赤眉军抢长安抢的差不多了，开始撤退，邓禹才开始出击。可是占领没有多久，赤眉军再次临门长安，邓禹面临危机，因为当时长安已经是一座"空城"，依旧没有充足的军备打败赤眉军，遂被打败。这样征讨对国家，对百姓无任何益处，于是刘秀让邓禹撤军，但邓禹却不同意。
