军机处设置后，到底该怎么运行呢？雍正皇帝让张廷玉制定军机处的运行制度。张廷玉提出："诸臣陈奏，常事用疏，自通政司上，下内阁拟旨；要事用折，自奏事处上，下军机处拟旨，亲御朱笔批发。"这确定了军机处100多年的运行总基调。
雍正皇帝对大臣较为苛刻严厉，但他一直很宠信张廷玉。这一方面是因为张廷玉父亲张英，做过雍正皇帝的老师；另一方面是因为张廷玉处理政事的确有两把刷子。
1727年，清军大举进攻蒙古准噶尔部。在战事紧张之际，羽檄交驰。雍正皇帝心里很是焦急，频繁口授谕旨。张廷玉伏在地上，一边听一边飞快地拟稿。雍正皇帝余音未落，张廷玉的稿子就写好了。雍正皇帝啧啧称奇："尔一日所办，在他人十日不能及也。"
1735年10月8日，雍正皇帝病逝。病逝前，雍正皇帝留下遗诏，让张廷玉与庄亲王允禄、大学士鄂尔泰等成为顾命大臣，辅佐新皇帝。同时，赐予张廷玉配享太庙的待遇。
