永嘉四年（公元310年），刘渊死，刘聪杀刘和而自立为皇帝后，开始攻打西晋淮南各州郡。永嘉五年（公元311年）六月，各路汉军先后陷洛阳，俘虏晋怀帝司马炽，杀王公士民3万余人，纵兵大掠宫内珍宝、财物和宫女，又烧宫庙、官府和民房，史称"永嘉之乱"。同年，晋怀帝被汉兵俘虏到平阳，刘聪封他为会稽郡公，享受三司的礼仪，而且还将小刘贵人嫁给他为妻。
永嘉七年（公元313年）年初，刘聪大宴群臣，饭饱酒酣时，命令晋怀帝穿上青衣行酒令取乐。这一情景让晋朝的故臣庚珉、王隽悲愤不已，大声痛哭，这让刘聪十分生气。二月，刘聪就将晋怀帝和晋朝的旧臣10多个人全都杀害。
晋怀帝被害的消息传到长安之后，太子司马邺举哀服丧，并且于四月即皇帝位，即孝愍皇帝，改元建兴。这时他只有14岁。当时的长安城里住户不超过一百，公私加起来也只有车4辆，文武百官既没有官服，也没有印绶，只有桑版刻上官号罢了，皇帝即位的仪式显得十分凄凉。
