1635年，曹变蛟率部在关山镇、官亭、乾州三次与高迎祥交手，都将高迎祥击败。特别是乾州一役，干净利落地打败了高迎祥。混战之中，高迎祥中箭受伤，被迫逃跑。
1638年，曹变蛟率部在渭南与李自成交手。此战，曹变蛟转战千里，连续作战，身穿的铠甲有27个昼夜没有解下过，可见战况之惨烈。最终，李自成一败涂地，他的妻子、女儿都丢失了，只带着7个骑兵逃出战场。
由于在与农民军作战中的良好表现，曹变蛟被朝廷提升为左都督。
就在农民起义军被明朝军队压住势头之际，清军趁虚而入，再次叩击国门。1638年9月，清军兵分两路，大军南下，朝廷震惊，京师戒严。崇祯皇帝紧急从陕西前线调来洪承畴勤王，曹变蛟也跟随进京。1639年初，洪承畴调任蓟辽总督，驻守宁远。曹变蛟依然追随左右。
