后来抗日战争爆发，为了稳住后方，苏联并没有进行大动作去在新疆建立自己的代理人。直到解放战争打响之后，在苏联的帮助下，中国建立了民族区域自治制度。而斯大林对于边境的讹诈也从新开始。在抗日战争时期，斯大林提出出兵的条件要挟蒋经国。当时不论国民政府答应与否，外蒙古都被苏联实际控制，而美国人的二战提议也正中斯大林的下怀。其实早在1937年，苏联专家求指导苏联红军在外蒙古开始肃反运动，波及整个社会阶层和官员，连普通人也包含在内。
反对独立的外蒙古人被屠杀殆尽。1941年，又与日本签订《苏日中立条约》。 苏联保证尊重满蒙的领土完整不可侵犯，日本保证蒙古人民共和国的领土完整不可侵犯，实际上这一条约是苏联和日本。瓜分中国北部领土的邪恶条约，但却被一些人认为是苏联的权宜之计。苏联逼不得已。之后就是我们都知道的蒋经国与苏联的艰苦谈判。历史总是令人惋惜，这是条约签订的第二天，日本宣布无条件投降，假如当时的蒋经国能够再忍受一天，捕捉到时局的变化。
分裂外蒙古的条约不曾签订。外蒙古究竟是否会独立，成为苏联的势力范围？这一问题依旧可能发生转变。但历史不容假设，当时外蒙古已经被苏联所控制，进行了独立选举。之后的新中国，为了获得斯大林的承认，不得不签订同盟互助条约，承认蒙古独立。其实斯大林与蒋经国的谈判中，并不仅仅包含蒙古。在谈判的同时，斯大林还派遣部队进一步占领黑龙江的相关流域使得中国的领土大量丧失。斯大林以快速机动的部队是领土占领成为既成事实，并要求中国一体承认。
