乾隆初年，清朝和噶尔丹策零议和成功，双方划定牧场，息兵罢战。乾隆时期准噶尔汗国历经数十年战乱以经破乱不堪，噶尔丹策零死后，准噶尔部贵族为争夺汗位发生内讧，几个大部落首领相互攻伐。乾隆皇帝认为时机已经成熟，遂在乾隆二十年时（1755年）发兵5万，兵分两路直捣伊犁。由于连年战乱西域人民对准噶尔贵族的残暴统治十分不满，希望早日出现安定和平局面，当清军前往伊犁途中，准噶尔部百姓"大者数千户，小者数百户，携酮酪，献羊马、络绎道左，行数千里，无一人抗颜者"。准噶尔部贵族没有料到清军会提前行动，部下直接不战而降，仅少数人带亲信逃往天山以南投奔乌什，结果被乌什擒获交给了乾隆。
至此这场历经70多年，延续三代人的叛乱终于被平定。在准噶尔部和清朝对峙的70多年里，清朝统治者对其抱有很深的敌视心理。据清朝文献记载，乾隆帝在重新统一新疆后为了杜绝后患，采取了极为残酷的屠杀政策。准噶尔原有60多万人口，由于战争，内讧，瘟疫，清军屠杀、掳掠、逃亡、最后仅剩7万余人。
