后金的强大让明朝开始感到了危机。为了在东北寻求伙伴对付后金，明朝皇帝笼络漠南蒙古以对付后金，双方争夺的焦点转移到了漠南地区。当时漠南蒙古的林丹汗崛起，他试图统一蒙古各部，但后金兴起让他力不从心，于是林丹也决定和明朝联合。1619年，漠南蒙古正式与明朝结盟，随后林丹开始了后金的挑战。林丹汗以"四十万蒙古国之主"自居，蔑称努尔哈赤为"水滨三万女真之主"，警告努尔哈赤不得进犯广宁。1622年，广宁之战爆发，努尔哈赤击败了广宁巡抚是王化贞，明朝势力基本退出了山海关外。
广宁之战后，后金已经完全占据了东北，暂时停止了对明朝的进攻。为了解决后顾之忧，努尔哈赤开始集中力量对付蒙古。广宁之战后，蒙古内部的矛盾也激化了。察哈尔部、科尔沁部等纷纷投入了后金的旗下，而内喀尔喀五部也在后金的三次征伐下土崩瓦解。
1626年，皇太极继位。后金的强大迫使林丹汗西迁。但是皇太极并不打算放过林丹，1632年，皇太极正式西征，漠南蒙古各部均派军参加，总兵力达10万。此次西征，林丹汗远遁青海。1634年，林丹汗去世。1635年，皇太极命多尔衮等远征第三次远征察哈尔，漠南蒙古全部归服了后金。
