农业税的整顿并不是张居正改革的全部，张居正改革的另一个着眼点，是商税改革。张居正主张"农商并举"，他的方式，是减少税收环节，减免商税，增加税收的效率。一方面，他将海外贸易机构市舶司的权力下放，将贸易的权力完全下放给沿海商人，并且根据每次贸易的数额和利润征税，而不是像过去根据出海时间的长短来征税，这样就保证了大部分商人的利益。
另外张居正减免走税的关卡，减少走税，增加贸易税，也就是根据商业贸易的利润征税，并且严禁商人与当地势豪大户勾结。到了万历九年（公元1581年）的时候，明王朝的商业税收益，占到了明王朝国家年收入的四成，这是明王朝建国以来从未有过的事情。
但是张居正的改革，在1582年他去世后遭到了废止，他的"考成法"被废除，一条鞭法成为仅有的保留项目，清丈土地也因此停止。万历在位的后期由于大批东南商人背景的官员当职，开始了对商税的调整，将主要的商税，分摊到了中小商人身上，大商人们通过与势豪大户的合股经营，获得了免税的特权。
万历后期工商业勃兴，万历也希望增加商业税，但他采取的是简单粗暴的办法，即派太监做"税使"收税。这样的做法自然收上了钱，却让大批中小商人破产，更开罪于商人，因此举国反对，除了太监以及万历本人捞了钱外，几乎是得罪一大片，对商品经济的打击也是惨重的。
