事情到后来就起了变化，明王朝税收里有一个重要漏洞，就是士绅以及公爵王室可以免税。也就是说，整个国家的税收，都是由中下层来完成。这个政策后来越发被人钻空子，比如土地税，许多地主乃至小民，都把田地寄放在有免税特权的地主家中，美其名曰为"寄主"，以用来逃避赋税。而后来明朝土地兼并严重，大量地主阶层兼并土地，他们拥有广袤的土地却不用交税，无地的农民，反而要承担苛刻的税赋，因此民变也就不断。
到了明朝"弘治中兴"的时候，明王朝可以用来收取农业税的土地，已经由朱元璋时期的800多万顷下降到此时的400多万，足足缩小了一半。为了应对税收危机，从明孝宗朱祐樘开始，明朝主要是通过扩大税源，即向人少地多的湖广地区移民的方法来增加税收，对于要承担重税的江南地区，明王朝也一直在进行改革，通过减免税收流程，增加税收效率的办法，来尽可能地解决税收矛盾。特别是到了正德皇帝朱厚照在位的时候，第一次开始大规模的征收海关税，对外国贡使来华贸易，也开始征收百分之二十的关税，但这些措施治标不治本。
到了明朝嘉靖皇帝在位的时候，明王朝税收几乎到了"匮乏"的程度，北方蒙古部落不断侵扰，军费激增，南方倭寇不断进犯，东南的税赋大半泡汤，在这样的情况下，明朝只能不断在中路地区，尤其是江西、湖广地区增税，以及在西南地区把持贸易特权，通过与西南民族的"茶马贸易"来扩大财源，这样的方式只是拆东墙补西墙。明朝虽然平定了倭寇，抚和了蒙古，但到公元1566年嘉靖皇帝去世时，明王朝的政府存粮，竟然只能支持一个月。经济问题，已经到了不得不解决的时候了。
这时候，解决问题的办法出现了，这就是历史上著名的张居正改革。
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