1905年12月，九世班禅返回西藏，受到驻藏大臣及西藏官员的隆重欢迎。这次九世班禅赴印，未做丝毫有损中国主权的事情，英国扩大在西藏扩大影响力的企图失败了。民国建立后，袁世凯加封九世班禅致忠阐化。后来，十三世达赖侵占九世班禅的领地，双方关系逐渐恶化。
1923年11月，十三世达赖意图加害九世班禅，为自保，他带侍从15人仓皇逃出西藏，于1924年6月逃到了甘肃兰州。甘肃督军陆洪涛率领官员、军队数千人在兰州郊外迎接。班禅经过的街道皆用黄布铺路，扎了彩色牌坊，"备极庄严"。
此后，九世班禅在内地流浪了整整十四年之久。抗战爆发后，九世班禅从玉树捐献三万元，购公债二万元，并动员全体同仁踊跃捐款，汇集前方，慰劳抗战将士及救济伤兵与难民，还在玉树寺诵经祈祷抗战早日胜利。
1937年12月1日，九世班禅在玉树大寺甲拉颇章宫内圆寂，享年54岁。印度总督逼中国活佛跪拜英国太子，活佛：我只跪拜皇帝，其余不行。（喜欢的话多多关注，多多点赞，多多收藏，转发和评论，谢谢！本人其他文章也很精彩，欢迎品读！）
