就这样，一夜之间，刘瑾从炙手可热的司礼监掌印太监，变成了一个囚犯。他被抓起来，关押在菜厂。
然而，直到此时，朱厚照仍然没有打算彻底清算刘瑾。他决定亲自前去刘瑾府中查封，"得伪玺一，穿宫牌五百及衣甲、弓弩、哀衣、玉带诸违禁物。又所常持扇，内藏利匕首二。"
朱厚照大怒："奴果反。"随即，将刘瑾处以凌迟之刑。
按照管理，死刑只能在秋冬进行，立春之后不得死刑。但朱厚照下令立即执行，"张彩狱毙，磔其尸"。据记载，由于刘瑾得罪的人太多，他的凌迟之刑持续了3天。不少受过其害的人纷纷买其身上一片肉，祭奠死者；有的还生吃泄愤。
