对张居正死后遭遇的这种不公正待遇，其实是应该有人为其说话的，那就是早年一直支持张居正进行改革的万历皇帝的亲妈——李太后。李太后一直都非常信任和赏识张居正，那么，在张居正刚刚死去，就遭遇过度清算的时候，她为什么不出面干预，阻止万历皇帝的过分行为呢？
这其中的原因可能是比较复杂的，李太后对万历皇帝的成长非常关心，在其年少时一直都对他管教比较严，要求比较高，可以说她一直都是压制着年少的万历小皇帝。到万历六年（1578年），15岁的万历皇帝大婚后，李太后当众宣布退回慈宁宫，不再管束万历皇帝的日常琐事。话虽如此说，但在一些关键时刻，李太后还是会时常出来“教训”或“指导”儿子一顿的。但是到了张居正临死之前的那两年，李太后已经很少再干预万历的事情了。而且，到后期万历皇帝对李太后干涉其做事的情况也越来越会应对，除了瞒就是哄，甚至还可能会骗上一骗，李太后对慢慢长大的儿子独立决断朝政，也不想太过干涉了。
