大明亡国后，李自成最大的威胁已经变成了清军。而当时山海关总兵吴三桂手握重兵，同时也持以观望态度，在降顺和降清之间犹豫不决。而李自成却没有看清形势，不但把吴三桂的父亲扣押做人质，其手下刘宗敏还把陈圆圆给霸占了。吴三桂在得知这个消息后，选择了打开山海关，放清军入关。最后在吴三桂与清军的夹击下，李自成被迫放弃北京，逃往西安。临走之前，为了报复吴三桂，李自成将他全家30余口尽数诛灭。
逃往西安后，此时的李自成已是民心尽失，形势大变。在清军和吴三桂步步紧逼下，李自成连战连败，最后又逃亡至武昌、江西等地。在逃亡的过程中，手下兵将人心涣散，眼看大势已去，遂纷纷倒戈，到最后跟随李自成的军士只剩十几个人。
