第一次大规模冲突时在天启七年（公元1627年），后金以朝鲜收留明朝逃散的士兵、不吊唁去世的努尔哈赤、协助明朝进攻后金等罪名，出兵讨伐朝鲜。本来后金也就是试探性的进攻，结果发现朝鲜的防守力量非常薄弱，于是决定大规模入侵。很快后金就占领了朝鲜的平壤、安州等地，朝鲜的仁祖国王逃到江华岛上之后，向后金求和。经过了一个多月的谈判，双方达成了和约。双方约为兄弟之国。因为这一年是丁卯年，所以朝鲜人称这场战争为丁卯胡乱，或者丁卯之役。
第二次大规模的冲突发生在1636年，此前后金与朝鲜之间虽然约定为兄弟之国，但是实际上他们之间的关系并不和睦。朝鲜并不愿意断绝与明朝的关系。后来，皇太极正式登基称帝，朝鲜人并没有积极地参与到“劝进”之中，而且对此拒不承认，清朝派来的使者，朝鲜人也拒绝接待。在这种情况之下，皇太极发动了第二次对朝鲜的作战。很快清军就打到汉城，汉城里粮草断绝，周围的救兵也都被打败。在这种情况之下，朝鲜人被迫向清军投降，1637年2月朝鲜国王出城投降，向皇太极行三叩九拜之礼。于是双方订下了新的盟约，确定了他们和清朝的君臣关系。这场战争在朝鲜又被称为丙子虏乱。
大清皇帝功德碑
但是，对于朝鲜人而言，他们虽然被打败了，但他们从骨子里讨厌清朝，他们私下里称呼清朝为虏。而且在明朝灭亡以后，朝鲜人更是以中华而自居。后来他们自己关起门来依然用明朝的崇祯年号，他们愣是把崇祯年号用了二百多年，只有在与清朝打交道的时候才使用清朝的年号。他们认为清军入关之后，中华文化的正统已经到了他们那里。虽然不得不对清朝屈服，但从骨子里依然看不起大清。这就是后来为什么在大清的三百年间，两国关系不是越走越近而是越走越远的原因了。
