按照《大明会典》的记载，奴儿干都司的设立主要承担的是军事作用，全明朝的都指挥使司下面还一共有760个卫、所。明朝的统治方向为以女真人治女真，即以服务于明朝皇帝的女真人治理建州等关外地区。这就好比是清朝入关后，虽然仍是满人占着主要的统治地位，但还是任用了不少的前朝官员，还有后续也是通过科举选拔了不少的汉官，难道这就能说明汉官治理的地方不属于清朝疆域吗。
至于奴儿干都司与明政府的关系，也和西南的土司差不多，都是每年按例进贡，不过这可和藩属关系不同。明宣宗之后，明政府确实对奴儿干都司的控制力度下降，而清末之际，东南五省互保，朝廷的话也是没人听，这同样不能说明这些地方就不是明清的了。
或者换一种说法，朱元璋当年的自南向北推翻元朝，和努尔哈赤从关外向关内进攻，大体上来看都是地区性的"反叛"。
最后还是要说的一点，完全以前朝疆域来判断后一朝代是否为大一统并不合适。比如明朝治下的云南还有缅甸部分领土，可是清朝就没有这块土地；还有就是明朝朱棣开始时还控制东南亚诸国，比如苏门答腊等地区就有明朝的宣慰司实行管理，这些地区同样不在清朝治下。
所以说，明朝也是我国历史上的大一统朝代。
