神宗长期怠政，对明朝政治统治造成了非常消极的影响。"时神宗怠于政事，曹署多空"。史书上记载，万历二十三年(1595年)，吏部尚书孙不扬考察官员后认为"员缺数多"；二十四年(1596年)，"六科中见在止有掌科一人，署印五人"，"十三道中并无一人主印"；三十年(1602年)，"蓟辽总督己缺两月，延绥、陕西、河南、浙江、凤阳等五巡抚官缺事废，又天下两司方面官缺至六十员，未经补足"；三十七年(1609年)，"大僚多缺"，"吏、礼二部既无尚书，也无侍郎"，
"兵部止一尚书，养病不出，户、刑、工三部暨都察院堂上官，俱以人言注籍，通政、大理亦无见官……九卿俱旷"；四十八年(1620年)，"神宗去世时，阁臣只有一人，尚书仅吏、户、兵三部不缺，刑、工、礼三部皆由人掌署"。由此可以看出，神宗统治的中后期，从中央到地方、从高级官员到低级官吏，都存在着严重的缺官现象。缺官不补，也是神宗限制大臣权力的一种方式，即使皇帝几十年不上朝、不批阅奏章，权力也要紧紧掌握在自己手中。
在神宗初即位时就说过，"若用舍予夺，不由朝廷，联将何以治天下"，当时他仅是个十岁的小孩，就己经懂得操纵权力了。明朝中枢权力自上而下的混乱使得明军在对外战争中失败。
这一时期明朝的边疆也时常被侵犯，如东南沿海的楼寇，东北的女真族。女真族首领努尔哈赤统一了女真各部落，建立了后金政权，是明朝的极大威胁。万历四十七年(1619年)，明军与后金在萨尔浒决战，明军大败，后又接连失去开原、铁岭，明朝的北方门户岌岌可危。外部威肋、己经开始危及明朝统治的存在。
在这样内忧外患的重重压力下，宦官的势力不断壮大。万历四十八年(1620年)，缠绵病榻多年的神宗去世了，继承皇位的是太子朱常洛，即光宗，短暂地当了一个多月的皇帝，朱常洛也离世了，他的皇长子朱由校登上了皇位，即熹宗。虽然从神宗去世到熹宗即位一个多月的时间内皇位三次更替，其中又发生了红丸案、移宫案，但好在朝中还有杨涟、左光斗等正直大臣，熹宗顺利地坐上皇位，政局也还算稳定。但好景不长，魏忠贤的崛起将晚明政坛将推向黑暗的深渊。
