奏章留中不发。对于大臣上奏的奏章，神宗也不批阅，到后期，中枢权力机构运行己经非常困难了，首辅叶向高感慨，"御前之奏犊，其积如山，列署之封章，其沉如海"，"更有朝端事体千古未见者。如，阁臣羁栖于荒庙己及三年，部、卿候命于近郊亦经数月，公车不报之疏积于丘山，言路无职之官多至百十"。
对皇帝的怠政直接牵动了统治政权中其他力量的态度：
一、大理寺等监察机关。大理寺评事锥于仁曾上疏，指出神宗怠政的原因就是"酒"、"色"、"财"、"气"，"臣知陛下之疾，所以致之者有由也。臣闻嗜酒则腐肠，恋色则伐性，贪财则丧志，尚气则栽生"。嗜酒。一日，在宦官孙海客用教唆下，神宗出宫去喝酒，狂饮不止，醉酒后竟滋事打人。恋色。大婚后，神宗开始沉溺后宫，万历十年(1582年)，一日封九殡，后来最受宠幸的郑贵妃也在这之中，一次，神宗去李太后宫中请安，又临幸了慈宁宫宫女王氏，王氏怀孕，生下皇长子朱常洛。不仅有妃殡在侧，又宠幸了十余个小宦官。贪财。神宗本质上是一个贪财的人。张居正死后，有人告发他贪污受贿，称张府中藏有宝藏，神宗对传闻中的巨额财富很是心动，将张居正和他的几个儿子兄弟都抄家，共查出万两黄金、十多万两白银。皇宫中的奢侈生活花费了大量白银，在全国大量开矿，派宦官到各地当税监矿监，搜刮民脂民膏。尚气。神宗脾气差，喜怒无常，时常无故打骂宫女宦官，有人被打死于杖下。一些直言进谏的大臣，因违背神宗心意而获罪。应当戒色、戒酒、戒财、戒气。看到锥于仁的奏疏后，神宗震怒，并不承认自己的错误，将其罢免。再则确实是有病，嗜酒和好色使得神宗的健康出现问题。万历十四年(1586年)，二十四岁的神宗开始出现头晕体虚的症状。
二、李太后为代表的辅佐力量。神宗年幼时，李太后、冯保、张居正都对他管教很严格。神宗在经筵上读《论语》时，将"色勃如也"读作"背"，张居正听见后，厉声训斥应读作"勃"，神宗感到十分害怕。神宗结婚前，李太后搬来乾清宫与他同住，监督他读书，稍有懈怠还会罚跪，遇到上朝的日子，李太后在五更天的时候叫他起床。一次神宗在宴会上饮酒，强迫一个内侍唱歌，内侍推脱不会，神宗用剑敲打他，李太后知道后，让神宗罚跪，数落其过错。冯保是司礼监秉笔太监，神宗小时候爱和宫中内侍玩闹，每次冯保到他宫中，他总会正襟危坐，十分惧怕冯保。神宗性格中的叛逆因素也是他怠政的原因之一。幼年时，有张居正、冯保、李太后的管教，本来就贪玩的神宗还能勉强作出勤学勤政的样子，当张居正去世、冯保被驱、李太后年老，正值盛年的神宗便自由了，几乎可以为所欲为了。再一点就是在"国本之争"中，神宗并没有达到自己预期的效果，他与支持立皇长子为太子的大多数大臣的意见不一致，大量的奏章催促他应立即立太子，使得他烦不胜烦，他索性撒手不管了，不上朝也不批阅奏章，把立太子这件大事一直搁置，好像是在和大臣赌气。
