岂料，李成栋这位明朝降将却容不下想要投降的丁魁楚，不由分说便砍其头颅去报赏。就这样，丁魁楚自投罗网，而李成栋却轻而易举地便占领了平乐城，然后便挥军开始进攻桂林。其时，何腾蚊的援军已到桂林。南明军队在瞿式耜的指挥下，奋勇杀退了清兵，总算是保住了桂林。然而，当时的形势对南明小朝廷来说，还是一般地岌岌可危。
当时，多尔衮已指挥清军大举南下，而郑亲王济尔哈朗的军队也早已侵入湖南。不得已之下，何腾蚊只能返回湘潭组织军队御敌。这一天，忽有部将徐勇来见，何腾蚊问其何事，徐勇不待答话，便径直上前夺下其佩剑。就这样，何腾蚊就此被俘，随即就被押至清营。此后，他不说话也不吃饭，七日之后便绝食而惨死。
何腾蚊殉国的消息很快便已传来，桂林城中的南明君臣全都无比震惊。永历帝惊恐之下又要逃跑，瞿式耜苦劝无果，南明小朝廷又逃去了南宁。瞿式耜独守桂林，且部下多已遁逃，清军竟不费吹灰之力便已开入城中。清将孔有德敬重瞿式耜，以"封王拜爵"诱其投降，可瞿式耜却不为所动，于月余之后从容赴死。
何腾蚊和瞿式耜接连赴死，永乐帝至此顿失左膀右臂。他无能又无兵，只好渡过囊木河，到缅甸境内躲避清军扫荡。而清廷在得知永历帝已奔赴缅甸后，便将各路大军撤回，只留下已晋封为平西王的吴三桂镇守云南。也许，吴三桂是想进一步立功，他随即给清廷上了一道奏折，不但详实地分析了南方形势，还极力请求尽快扫平南明势力，务求"净尽根诛"。
清廷自然同意这个计划，当即要缅甸王押送永历帝回国。缅甸王莽白闻讯后，因畏惧清廷刀兵，立即便将永历帝送回。永历帝见到吴三桂时，张口便问了一个让吴三桂倍感尴尬的问题："你便是大明平西伯吴三桂吗？"当吴三桂听到"大明"二字时，顿时面如死灰、汗流浃背，竟因羞愧而当众失态，继而瘫倒在地。康熙元年（公元1662年）6月1日，永历帝朱由榔及其眷属25人在昆明被吴三桂用弓弦勒死，终年仅40岁。至此，明朝血脉悉数灭亡。
