但是侯君集有个毛病就是贪财，大破高昌时本是大功一件，但是他私敛财务，并且纵容属下到处抢夺财产，造成了唐军极其不好的恶名，回朝就被参奏因而下狱，最终李世民念在其多有军功的份上免其罪责。侯君集也因为自己立下如此功劳却因贪点财物而被下狱感到不高兴，也为他日后谋反身死埋下了祸根。
谋反被杀
唐太宗让李靖教侯君集并发，后来侯君集向太宗上奏说李靖要谋反，因为李靖总不教他兵法的细节。唐太宗就责备李靖，李靖回答到，我教他的兵法足以安制四夷，如今想尽学臣的兵法，是要造反的前奏啊。但是唐太宗不以为意。
后来果然侯君集参与太子李承乾谋反一案，被自己女婿贺兰楚石出卖，因此下狱，李世民念在侯君集安定国家有功，不想治侯君集死罪，但是群臣力谏其罪不容诛，李世民只好下令处死侯君集，临刑之前，太宗亲自质问，并说道："朕因汝从此不登凌烟阁。"侯君集闻言动容，拜倒大嚎，请求皇上开恩留侯门香火，太宗允之，侯君集谢恩甘心赴死。
至此唐朝十大名将、凌烟阁二十四功臣之一侯君集以谋反被杀的结局在历史的舞台上谢幕了，侯君集对于李世民有着天大的功劳，最终仍然逃不过被杀的命运，不得不说有很大的程度上是侯君集咎由自取的后果。
