在第一次自杀未遂之后，爱泼斯坦就被关进了单人牢房，并且被列入了自杀监控的名单，会有狱警每隔十五分钟前来查看一次。然而这种状态仅仅维持了六天，爱泼斯坦的两个自杀监视就被解除了。十天之后的早上，爱泼斯坦的尸体在牢房中被发现，警方声称爱泼斯坦是死于上吊自尽，而且使用的工具是一个用床单制作的临时套索。可以说爱泼斯坦的自尽比他的被捕更让人震惊，民众们开始纷纷猜测：爱泼斯坦的真正死因并不是自己，而是被自尽。而这样的怀疑并不是没有理由的，首先爱泼斯坦第一次尝试自尽时的录像，被警方不小心给删除了；而第二次监狱的监控好巧不巧地给坏掉了。
一位在狱中曾经与爱泼斯坦有过多次接触的犯人匿名透露说，爱泼斯坦在临死之前多次说过，有人想要谋害他。甚至BNL NEWS爆料说;两名监控危险自杀犯人的狱警在爱泼斯坦死亡当晚，被告知需要提前三小时离开该区去维修监狱的走廊，导致他们隔天早上才发现爱泼斯坦的尸体。然而，爱泼斯坦从被捕到死亡一直是拒绝认罪的，随后警方在他家中搜出来一本小黑皮书，小黑皮书上记录了大量政要的名称和联系方式，而大多数都是民主党人士。爱泼斯坦死亡的前一天，纽约法院刚刚解封了与他有关的两千份文件包；巧合的是，在文件解封的第二天，爱泼斯坦就在狱中自缢了。尸检报告显示，爱泼斯坦的颈部有多处骨折，而法医专家声称，舌骨骨折的位置在被勒死的受害者中更为常见。纽约首席验尸官芭芭拉•桑普森一开始在验尸报告上写的死因是无法确定，后来改成了自杀。
