到了第二年的正月，也就是崇祯十二年，清军来犯。他们攻的是济南，那是颜继祖原先的据点，他现在在德州，自然无法顾及。于是济南失守，为此，言官对他进行了弹劾。明朝的言官都知道，管你黑白是非对错，乱骂一通。颜继祖没有办法，这是他老大也就是杨嗣昌的失误。所以他上奏说：臣兵少力弱，不敢居守德之功，不敢不分失济之罪。请以爵禄还朝廷，以骸骨还父母。
意思是他认为不是他不能打，而是兵力太少，如今他请求辞职回去。崇祯没有同意，因为济南城里有一个人被清军俘虏了，那人便是德王朱由枢。不仅他被俘，他的儿子也一起被俘，德王于崇祯十五年（1642年）二月死在塞外。对于明朝廷来说，这可不是一件小事，一个王爷都被人家掳走。
崇祯又气又恨，以失陷籓封罪将颜继祖处死，同时判的还有三十五人，倪宠、祖宽皆在其中。这是明朝十分少见的集体杀戮官员事件，算起来还真不能怪颜继祖，孤身无援，他如何能同时守住德州跟济南？崇祯对这事其实也不好处理，说起来应该被问罪的应该是杨嗣昌。可杨嗣昌被崇祯认为是力挽狂澜的希望，就如同最开始他把袁崇焕视为救命稻草一样。
