公元697年狄仁杰被武则天召回朝中，官拜鸾台侍郎、同凤阁鸾台平章事，加银青光禄大夫，恢复了宰相职务，成为辅佐武则天掌握国家大权的左右手。公元700年狄仁杰病死，武则天痛惜失去栋梁，褒奖厚葬。赠文昌右丞，谥号文惠。唐睿宗感其恩德才略后封狄仁杰为梁国公。狄仁杰身居宰相之位后辅国安邦，对武则天弊政多有匡正改革，深受同僚和百姓爱戴。狄仁杰在贞观之治后开元盛世前的武周时代，为大唐盛世作出了卓越的贡献。
狄仁杰有三个儿子，光嗣光远很不错，狄光嗣，历任司府丞、地官员外郎、汴州刺史、扬州长史、歙州别驾，为狄仁杰最杰出的大儿子。狄光远，曾持狄仁杰所写的帛书向武则天鸣冤，官至州司马，也很不错。唯有最小的儿子，有些坑爹。狄仁杰原先担任魏州刺史时，因为政绩卓著，百姓为他建立生祠。
但是后来，他的小儿子狄景晖也来到魏州任职，贪婪残暴，受到百姓的痛恨，导致狄仁杰的生祠也因此被毁。好在狄仁杰察觉后，非常气愤，断然罢其官职，停其俸禄。
狄仁杰晚年相当好，是武则天最信任的人，进拜内史，赐予豪宅一所在当时是唯一的，无上的恩宠，公元700年9月狄仁杰寿终正寝，享年七十一岁，赐谥号文惠。唐中宗时追赠为司空，唐睿宗追封梁国公，747年与张张柬之等八人配享太庙，后晋年间还被追封为太师。
