在东林党一家独大又不愿意联合其余党派执政的情况下，斗争迟早要来，时间早晚而已。正好己巳之变发生，东林党举荐的袁崇焕有很大责任，善于斗争的其余党派赶紧抓住这个机会向东林党发难。
崇祯也把对袁崇焕的不满发泄到东林党身上，后金入侵的责任需要有人背锅，仅仅一个袁崇焕还不够，主导朝堂政策的东林党才是最合适的对象。
整整八个月的争执中，其实袁崇焕死不死已经不是最主要的问题，东林党必须下台才是核心问题，在崇祯元年东林党起复后被压制的各个党派团结到了一起，为了自己在朝堂上的位置对东林党和袁崇焕群起而攻之。
崇祯也对东林党独霸朝堂有意见，皇帝需要的是平衡，而不是一家独大，又有袁崇焕这么个东林党举荐的背锅侠在前，胜负很容易就分出来了。
东林党在这场斗争中大败特败，崇祯从此以后不再用东林党人做首辅，包括己巳之变时率明军把后金赶跑的孙承宗没多久都被崇祯弃用。也因此，东林党在崇祯朝和崇祯的关系无比紧张。
崇祯朝的财政困局，有很大原因就是掌控着南直隶这个财税重地的东林党不配合导致，崇祯后来在李自成进北京时，宁愿自杀都不愿意南下就可以看出双方的关系。东林党被赶出内阁，袁崇焕这个最大责任人自然就保不住，被处死也就很正常了。
后金入关后，东林党首辅韩爌在崇祯三年元月就被迫引咎辞职，继任首辅就是崇祯元年曾经短暂担任过首辅，但被东林党搞下台的李标。次辅钱龙锡因举荐过袁崇焕，也被下狱，崇祯也判了钱龙锡死刑。
