公元1279年，元朝彻底灭亡南宋，元朝民间的盗墓之风也开始崛起。这时，有一位名叫杨琏真迦的元朝妖僧，专门盗挖宋朝皇陵，宋理宗的墓葬自然也不能避免。当这位妖僧打开宋理宗的棺椁时，惊奇地发现宋理宗的身体因为灌注了水银还尚未腐朽。于是他就将宋理宗的头颅砍下，收集尸体之中的水银用来卖钱，随后又发现宋理宗的骨骼又大又圆，于是将其做成了一枚精致的头骨酒杯送给了元朝皇室。
得知这件事之后，南方的汉人们无不因为宋理宗的遭遇而感到难过与愤恨，直到朱元璋灭亡腐朽的明朝之后，朱元璋才从元朝大学士危素的口中得知了这枚人骨酒杯的下落。当朱元璋拿到实物之后，他不仅对着宋理宗的头骨酒杯哀叹说：“宋元之间本无世仇，南渡之君也未曾有失大德，元人何以至此侮辱宋帝?这段仇恨是时候该结束了。”于是朱元璋将这枚头骨首先埋在南京六合塔，数年之后将其重新埋在宋理宗的墓葬之中，并且重新修缮了南宋皇陵。
