在自己力量不够强大的情况下，朱元璋只能加入红巾军阵营。其实红巾军内部也不是铁板一块，各地的红巾军相互打内战。朱元璋在逐步的崛起，当时，刘福通等人是元朝的主要进攻对象，没人注意朱元璋。但是等元朝腾出手来的时候，发现朱元璋已经成为了庞然大物。朱元璋先后平定了陈友谅、张士诚、方国珍等集团，长江以南基本上在朱元璋的控制之下。到了这个时候，朱元璋已经没有必要在依靠明教的影响力，此时的明教也已经衰败了。
公元1366年，朱元璋称王。当时，朱元璋发布的檄文很有意思。檄文的前半截严厉谴责元朝的暴政，自己则是一副取而代之的姿态。后半截则是话锋一转，开始痛骂各地的起义军。此时的朱元璋以正规的政权自居，根本看不起各地的起义军。由于自己崛起的过程中，利用明教等宗教影响力。朱元璋非常担心其他人会复制自己的模式，因此在朱元璋统一天下之后，命令各地官府压力镇压明教、白莲教等宗教势力。
朱元璋虽然不是明教成员，但却是和明教有一定的关系。但是朱元璋称帝之后，为了稳固自己的统治，开始全力镇压各种宗教，对于各种宗教成员进行了大规模的捕杀。最后讲一下白莲教，白莲教堪称历史上的奇葩，在元朝、明朝、清朝统治时期，白莲教都发动过大规模的起义。甚至到了抗日战争时期，北方地区还有白莲教的影子。但是白莲教从来没有成功的，连续三朝发动起义，然后都遭到了严厉的镇压。?
