虽然大捷振奋人心，但明军的守势陷入这样的被动，显然是谁都没有料到的，朝廷上下也对此议论纷纷，有人参劾他与后金议和没有成效，致使后金军队同时攻掠朝鲜和锦州，而且对袁崇焕不救援锦州多加批评。最终其他人官升两级，唯有袁崇焕官升一级，显是失去魏忠贤信任，不贬而贬了，袁崇焕于是愤而离官。
由此可以看出，无论是"宁远大捷"还是"宁锦大捷"，都未曾消耗后金的有生力量，而明军在其攻势下显得左支右绌，难以为继，如果后金坚持继续攻击，很难说锦州还能支撑多久。从这两次所谓的大捷中，暴露的问题其实非常多：首先是明军不敢出城迎战金军，这对他们来说十分劣势；其次宁州和锦州之间并没有建立一个可以相互救援的有效防线，反而让皇太极设计了一出引蛇出洞；最后，袁崇焕对后金战略决策上的判断失误，对方并没有同意议和，明军错失进攻的机会，让自身陷入困境，这也是他招致争议的最大原因。
但是在崇祯即位之后，袁崇焕和一大批东林党人同被启用，袁崇焕更是得到了崇祯深深的信任，除了要感谢魏忠贤的不贬而贬之外，更重要的一点就是宁远大捷给袁崇焕带来的巨大声誉。明与后金对峙八年，从未一胜，此次胜利是"八年来贼始一挫，乃知中国有人矣"，可以想见，在长达八年的斗争中，这样一场胜利来得多么珍贵和不容易，这也是崇祯认定袁崇焕有将帅之才的根本原因。一场胜利掩盖了很多问题，包括袁崇焕自身性格上的诸多缺陷，战略意识上的短浅，崇祯因此胜利而盲目相信袁崇焕更是错中之错。其实不是没有人向崇祯告过袁崇焕的状，只是当时崇祯认为不过是官员为了自保罢了，没有重视，且当时审案的官员为了不广结怨恨，有意包庇，才使袁崇焕成为漏网之鱼。
